| 総合順位 | 総pt | ||||
| １ | 最終話：シグナルフォーエバー | 24-18-20+99 | １２８+20 | 1 | １４８ |
| ２ | １：ぼくの名はシグナル | 15-25-28+65 | １１８+13 | 2 | １３１ |
| ３ | １０１：師弟対決！！ | 16-7-10+51 | ７２+10 | 3 | ８２ |
| ４ | ３６：「兄」と「弟」 | 13-2-5+39 | ４８+8 | 4 | ５６ |
| ５ | ２６：正信の賭け | 8-7-2+57 | ４０+11 | 5 | ５１ |
| ６ | １１１：電脳会議 | 5-6-5+86 | ３２+17 | 7 | ４９ |
| ７ | ３４：カルマの目覚め | 10-2-3+39 | ３７+8 | 6 | ４５ |
| ８ | １０２：ツインシグナル | 5-6-4+53 | ３１+11 | 8 | ４２ |
| ９ | ３９：俺の家族 | 5-5-6+48 | ３１+10 | 8 | ４１ |
| １０ | ６２：カルマの思い | 2-7-8+38 | ２８+8 | 10 | ３６ |
| １１ | ３７：恐怖の雪山へＧＯ！！ | 5-3-3+55 | ２４+11 | 12 | ３５ |
| １２ | １１２：エスケープ | 0-6-7+75 | １９+15 | 13 | ３４ |
| １３ | ３３：さらば海上都市<リュケイオン> | 3-2-2+95 | １５+19 | 19 | ３４ |
| １４ | ５：１０１匹ちびちゃん大行進 | 1-6-2+76 | １７+15 | 15 | ３２ |
| １５ | ５５：みのるさんはすごいぞ！ | 3-4-1+67 | １８+13 | 14 | ３１ |
| １６ | １１：パニック イン ザ キャンプ | 0-2-7+83 | １１+17 | 27 | ２８ |
| １７ | １００：Ｃｙｂｅｒ，Ｄｉｖｅ，Ｇｏ！！ | 4-4-6(37) | ２６ | 11 | ２６ |
| １８ | １０：ファミリー・ゲーム（後編） | 2-4-2+46 | １６+9 | 16 | ２５ |
| １９ | ８４：ニーハオと鬼ごっこ！？ | 0-1-6+85 | ８+17 | 36 | ２５ |
| ２０ | ４７：カルマ奮戦 | 3-3-1+42 | １６+8 | 16 | ２４ |
| ５１：細雪を手に | 2-3-4+40 | １６+8 | 16 | ２４ | |
| ２２ | ７９：切り札 | 2-2-0+58 | １０+12 | 30 | ２２ |
| ６１：シグナルとちびの・・・ | 3-3-0+33 | １５+7 | 19 | ２２ | |
| ２４ | ３０：リュケイオンでの死闘 | 4-0-1+41 | １３+8 | 24 | ２１ |
| ２５ | １１３：逃亡者 | 3-1-3+32 | １４+6 | 22 | ２０ |
| ２９：道具か仲間か！ | 1-0-2+76 | ５+15 | 49 | ２０ | |
| ２７ | １２２：事実 | 1-2-4+38 | １１+8 | 27 | １９ |
| ２３：シグナル不調 | 3-0-0+50 | ９+10 | 33 | １９ | |
| １０８：ぼくはＡ−Ｓ<ＳＩＧＮＡＬ> | 1-2-1+55 | ８+11 | 36 | １９ | |
| ３０ | ２１：兄弟姉妹 | 0-3-2+45 | ８+9 | 36 | １７ |
| ３１ | ３５：男だねェ！ | 4-1-1 | １５ | 19 | １５ |
| ９５：オラトリオとクオータ | 0-3-1+39 | ７+8 | 41 | １５ | |
| １６：音井家ファミリー | 0-0-0+76 | 91 | １５ | ||
| ３４ | ９：ファミリー･ゲーム（前編） | 4-1-0(23) | １４ | 22 | １４ |
| ３５ | ２７：混迷するユーロパ | 3-1-1 | １２ | 25 | １２ |
| ６３：姉上推参！ | 0-5-2(31) | １２ | １２ | ||
| ３７ | ４０：ちびの一日 | 2-1-3(24) | １１ | 27 | １１ |
| ８７：オリジナル | 0-0-0+55 | 91 | １１ | ||
| ３９ | １２１：命令 | 3-0-1 | １０ | 30 | １０ |
| ５８：導きの手 | 2-2-0 | １０ | １０ | ||
| １５：危険な幼児 | 1-0-0+36 | ３+7 | 60 | １０ | |
| ６５：さよならオラトリオ | 1-0-0+33 | ３+7 | 60 | １０ | |
| ８１：レクイエム | 0-1-0+42 | ２+8 | 76 | １０ | |
| ４４ | ５９：コードを追え！！ | 2-1-1 | ９ | 33 | ９ |
| ６０：出会い | 2-1-1 | ９ | ９ | ||
| ７３：集結 | 0-0-1+39 | １+8 | 83 | ９ | |
| ４７ | ２：学校へ行こう！！ | 2-0-2 | ８ | 36 | ８ |
| ３２：本当の敵 | 1-2-1(37) | ８ | ８ | ||
| ９６：シグナル覚醒 | 0-0-0+42 | 91 | ８ | ||
| ９７：ＳＩＲＩＵＳの光 | 0-0-0+39 | 91 | ８ | ||
| ５１ | １４：シグナルの秘密（後編） | 2-0-1(30) | ７ | 41 | ７ |
| ４８：緊急事態<エマージェンシー> | 2-0-1 | ７ | ７ | ||
| ３：絶叫館へいらっしゃ〜い | 1-2-0(17) | ７ | ７ | ||
| ５７：コードの隠し事！？ | 1-1-2 | ７ | ７ | ||
| ６６：死ぬってこと | 0-0-0+34 | 91 | ７ | ||
| ９１：アトランダムの苦悩 | 0-0-0+33 | 91 | ７ | ||
| ５７ | ７：熱血警官真城守見参！！ | 1-1-1 | ６ | 46 | ６ |
| １１５：紡がれる想い | 1-1-1(29) | ６ | ６ | ||
| １１７：襲撃 | 0-3-0 | ６ | ６ | ||
| ６０ | １７：旅立ちのシグナル | 1-1-0 | ５ | 49 | ５ |
| １０７：ＳＩＲＩＵＳ無き限界 | 1-1-0 | ５ | ５ | ||
| ８３：激化 | 0-2-1(23) | ５ | ５ | ||
| ４：ライバルと大バトル！？ | 0-1-3 | ５ | ５ | ||
| ６４ | １２：バグった！？ | 1-0-1 | ４ | 54 | ４ |
| ７５：ダミュエル・ホーン | 1-0-1 | ４ | ４ | ||
| ２８：二つの記憶 | 0-2-0(20) | ４ | ４ | ||
| ３１：まだ見えぬ勝利 | 0-2-0 | ４ | ４ | ||
| ７１：ちびを探せ！ | 0-2-0(32) | ４ | ４ | ||
| ９２：ＳＩＲＩＵＳ奪わる | 0-2-0 | ４ | ４ | ||
| ７０ | ４４：電脳空間 | 1-0-0 | ３ | 60 | ３ |
| ５６：謎の女登場！？ | 1-0-0 | ３ | ３ | ||
| ８９：リーダー | 1-0-0(26) | ３ | ３ | ||
| １０５：激戦！ エアポート | 1-0-0 | ３ | ３ |
||
| １０９：新たなる戦い | 1-0-0 | ３ | ３ | ||
| １１８：危険信号 | 1-0-0 | ３ | ３ | ||
| ６：ドキドキする！？ | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ８：伝説の勇者現る！？ | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ４１：バラの花束 | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ６４：そのままで | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ９３：失意 | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ９４：無力 | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| １０６：強さの真意 | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| １２０：狂気の行方 | 0-1-1 | ３ | ３ | ||
| ８４ | ２０：アトランダム始動！！ | 0-1-0 | ２ | 76 | ２ |
| ５３：それぞれの想い | 0-1-0 | ２ | ２ | ||
| ７２：対決 | 0-1-0 | ２ | ２ | ||
| ７８：過去を越えて | 0-1-0 | ２ | ２ | ||
| １１９：真実 | 0-1-0(07) | ２ | ２ | ||
| ４６：囚われのＯＲＡＣＬＥ | 0-0-2 | ２ | ２ | ||
| ９０ | ４２：マリエルの一人旅 | 0-0-1 | １ | 83 | １ |
| ７０：遭遇 | 0-0-1 | １ | １ | ||
| ８０：見えない明日 | 0-0-1(21) | １ | １ | ||
| ８８：クワイエット | 0-0-1 | １ | １ | ||
| ９８：恐怖するものＩ | 0-0-1 | １ | １ | ||
| １０３：ドクターの意図 | 0-0-1 | １ | １ | ||
| ９６ | １１４：それぞれの思惑 | 0-0-1 | １ | １ | |
３列目は左から順に「１位票-２位票-３位票+コミックス別（+は１位２位、()は次点）」
４列目は１位２位３位票の総ポイント+コミックス別ポイント（１位か２位の場合のみ）
５列目は１位２位３位票のみの順位